Magyarországon védett madár, pénzben kifejezett természetvédelmi értéke 50 000 Ft. Állandó madár, a párok egész évben tartják revírjüket. A héja akár nála nagyobb állatokat is elejt. Ezt használják ki a solymászok is, mivel megfelelő idomítással kiváló vadászmadár nevelhető belőle, az erre a célra tartott madarak beszerzése és tartása természetesen engedélyhez kötött. A tojók jelentősen nagyobbak a hímeknél.

A héjáról további információkat a Magyarország Madarai oldalon olvashat.

A ragadozómadarak közül ennek a fajnak a legellentmondásosabb a megítélése a vadászok részéről. Tény, hogy a frissen kiengedett, zárt kertekben nevelt, túlságosan szelíd, fiatal fácánok könnyű prédát jelentenek ennek a vakmerő és erős ragadozónak. Elsősorban a tapasztalatlan és kiéhezett elsőéves fiatal héják próbálkoznak ilyen módon zsákmányhoz jutni, emiatt a fácántelepek környékén megfelelő engedélyek birtokában manapság bevett szokás a madarak ún. héjakosárral történő befogása. Az utóbbi években a fajnak egy hazánkban újkeletű problémával is szembe kellett néznie, a szúnyogok útján terjedő Nyugat-nílusi vírus okozta lázzal, mely az eddigi adatok alapján a héjaféléket – különösen a héját – az átlagosnál is nagyobb mértékben támadja meg.

2016-ban a Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesület Ragadozómadár-védelmi Szakosztály Héja-védelmi Munkacsoport létrehozásáról döntött, annak érdekében, hogy a héja magyarországi költőállományának felmérése, a faj védelmével kapcsolatos operatív és adminisztratív teendők lebonyolítása, valamint a színes gyűrűs jelölési program eredményeinek elemzése és publikálása megtörténjen. Fontos továbbá a különböző érdekcsoportokkal történő folyamatos kapcsolattartás is a faj védelmének elősegítése érdekében.

A héja hazai állományának nagyságáról hiányosak az ismereteink, e faj esetében – az eddigi terepi tapasztalatok alapján – nehezen alkalmazhatók a megszokott állománybecslési módszerek. Egy a héja számára megfelelőnek tűnő területen gyakran rendszertelenül helyezkednek el a költőpárok.
Bár korábban a hazai fészkelő állományt 800-1300 költőpárra becsülték, napjainkban sem a faj országos állományáról, sem annak dinamikájáról nem állnak rendelkezésre megfelelő adatok.  E miatt a Munkacsoport főbb célkitűzése között szerepel a vizsgált mintaterületeken szerzett tapasztalatok alapján egy későbbi országos állományfelmérés lehetőségének a megteremtése, valamint a hazai állományra vonatkozó ismerethiányok pótlása is. A monitoring tevékenységet önkéntes alapon végzik a munkacsoport tagjai, egy vagy akár több, saját maguk által vizsgált mintaterületet kijelölve.