Az MME Vízimadár-védelmi Szakosztálya első alkalommal 1985-ben alakult meg dr. Sterbetz István elnökletével. A szakosztály elnökhelyettesi tisztségét dr. Faragó Sándor (Sopron) és dr. Kovács Gábor (Nagyiván) látta el, dr. Kárpáti László (Sopron) és Molnár László (Fülöpháza) pedig titkárként tevékenykedtek a szakosztály vezetőségében. 1986-tól az Oxyura című periodikájában kezdte el közölni a szakosztály a vízi- és pusztai madárfajok monitoringját célzó szinkronfelmérések eredményeit.

A Vízimadár-védelmi Szakosztály újjáalakulására 1996. június 29-én került sor Fonyódon, az MME Partimadár Munkacsoportjának éves találkozóján. Az 1991-ben megalakult munkacsoport eredetileg a lilealakúak rendjébe tartozó fajok vizsgálatával és védelmével foglalkozott. A Partimadár című kiadványukat 1991-től a munkacsoport szaklapjaként, 1996-tól pedig évkönyveként jelentették meg. A Partimadár Munkacsoport 1996 után az újjáalakult Vízimadár-védelmi Szakosztályba integrálódva folytatta tevékenységét. A munkacsoport vezetését, majd a szakosztály elnöki feladatait egyaránt Szimuly György látta el.

Napjainkra a megmaradt vizes élőhelyeink fenyegetettsége nemhogy nem csökkent, de a klímaváltozás egyre erősödő hatásai még nagyobb kihívások elé állítják e területek ökoszisztémáit. A madarak, mint indikátorfajok állományai pedig jól mutatják az élőhelyeiken bekövetkező negatív változásokat. Napjainkban az agrárterületeinken fészkelő madarak mellett a vizes élőhelyekhez kötődő madárfajok költőállományai mutatják a leggyorsabb csökkenést egész Európában. E riasztó változások sürgették azt az összefogást, melynek eredményeként 2021. április 9-én – a COVID pandémia miatt rendhagyó módon, a tagok online részvétele mellett – ismét megalakult az MME Vízimadár-védelmi Szakosztálya.