A közép fakopáncs elterjedési területe nagy részén az alacsony, vagy közepesen magas fekvésű idős, keményfás, főleg tölgyfajokból álló lombhullató erdőkben él. Mivel táplálékát javarészt a fák törzséről szedi össze, így ideális élőhelyét az álló holtfák és a durvakérgű fák sokasága jellemzi. Az ilyen élőhelyek a nagy fakopáncs és a kis fakopáncs élőhelyi igényeit is kielégítik. Az erdők belső, zártabb területein éppúgy megtelepszik, mint a szegélyekben, karsztbokorerdőkben, ahol ligetesebb állományok találhatók.