A balkáni fakopáncs kerüli az erdőket és a fákkal sűrűn benőtt területeket. Jellemzően másodlagos, ember által létrehozott területeken, például parkokban, kertekben, gyümölcsösökben fordul elő. Az idősebb fákkal tarkított ligetes jellegű élőhelyeken gyakran együtt találjuk a hasonló méretű nagy fakopánccsal. A nagy fakopáncshoz képest a balkáni fakopáncs territóriuma nagyobb, az állománysűrűsége viszont alacsonyabb. A költőüreg vésésére alkalmas fafaj kiválasztása során toleráns, inkább a kisebb facsoportok, fasorok, gyümölcsfák jelenléte, a törzsek kora, azok keménysége a döntő szempont. A harkályok által vésett odúkat a későbbiekben másodlagos odúhasználók foglaláják el. Ebben a balkáni fakopáncs által vésett odúban a csuszkák költenek rendszeresen.