A korábbi szakosztályokhoz hasonlóan kiemelt célunk, hogy még szorosabb együttműködést alakítsunk ki a vízimadarak védelmével és a vizes élőhelyek kezelésével foglalkozó hazai szakemberek, illetve szakmai szervezetek között. A szakosztály hosszútávú céljai között szerepel a hazai vízimadár élőhelyek állapotának javítása és további új vizes élőhelyek létrehozása, illetve a vízimadarak gyakorlati védelmét szolgáló programok kidolgozása és megvalósítása. A vízimadárfajok életmódja miatt a költő-, vonuló- és telelőterületeken egyaránt szükséges a megfelelő védelmi intézkedések foganatosítása, ezért fontosnak tartjuk a nemzetközi együttműködés erősítését a vízimadarak védelmével foglalkozó külföldi szervezetekkel is.