Az MME több adatgyűjtő programot indított, nem csak a gyakorlott madarászok, de az érdeklődő természetbarátok részére is. 

Legjelentősebb állományfelmérő- és monitoring programjaink a Madáratlasz Program (MAP), a Mindennapi Madaraink Monitoringja (MMM), a Ritka és Telepesen fészkelő madarak Monitoringja (RTM) és a Vonuló Vízimadár Monitoring program (VVM), de a madarakon túl a kétéltűek és hüllők térképezésével is foglalkozunk.

Az érdeklődők a TermészetLesen program keretében kapcsolódhatnak be a gólya- és fecskefelmérésbe, a téli madáretetők felmérésébe, a Tavaszi TermészetLesen keretében pedig a kertek és parkok állatvilágának megfigyelésébe.

A terepi- és adatközlő munkákban évente sok száz önkéntes vállal aktív szerepet, akiknek munkáját a területi koordinátorok és a Monitoring Központ irányítja. Programjaink többségének felhívásai, ismertetői, adatlapjai és terepnaplói letölthetők honlapunkról is, ahol a felmérések eredményeit, összefoglalóit is rendszeresen közzétesszük. 2005 óta internetes adatfeltöltő- és információs portálok is rendelkezésre állnak.

Célunk, hogy az élőhelyekről, fajokról változatos módszerekkel történő adatgyűjtések eredményei, végső soron egyetlen központi adatbázisba kerüljenek, ahonnan különböző lekérdezésekkel valamennyi felmérőnk tájékozódhat saját adatainak sorsáról, illetve az ország egész területén folyó madarász-aktivitásról, a felmérések eredményeiről.

Az utóbbi évek eredményeit összefoglaló, fontos kiadványunk a Magyarország madáratlasza című könyv.